离子交换层析填料由基架和配基组成，填料的性质主要由配基决定。
确定离子交换方式：
样品一般在中性pH值的环境中保持较好的活性，在进行离子交换层析时，所用buffer的pH值需偏离样品等电点1个pH值以上。在交换方式的确定环节，常规选择目标物质结合到离子交换层析填料上，而杂质流穿的模式，洗脱时收集目标物。但也可以选择目标物质为不结合填料的流穿模式，使杂质结合到填料上，同样可以达到目标物质与杂质分离的目的。
所用bufferpH值高于样品等电点时，样品带负电，一般用阴离子交换的方式进行物质的分离；所用buffer的pH值低于样品的等电点时，样品带正电，一般用阳离子交换的方式进行物质的分离。
选好离子交换层析填料后，在实际的使用中还需要注意以下几个方面：
上样前需将样品置换到平衡缓冲液中，在样品体积相对柱体积来说较大时，这一点尤其重要；
柱子载量和要达到的分辨率决定上样量。如果想达到较好的分辨率，建议上样量为柱子载量的30%；
实际载量受样品大小和形状的影响，同时填料孔径，流速，样品浓度，pH/蛋白带电性、离子强度等均会影响载量；
添加合适的去垢剂：添加离子型去垢剂时，应避免加入的去垢剂与填料配基结合而影响填料的结合载量。
