色谱柱常采用内壁经过精密加工抛光的不锈钢管，以获得高柱效。不锈钢管耐溶剂、水和缓冲溶液的腐蚀，使用前色谱柱先用氯仿、甲醇和水依次清洗，再用50%的hno3对柱内壁作钝化处理。钝化时使hno3在色谱柱中至少滞留10min，以在柱内壁形成钝化的氧化物涂层。
色谱柱也采用氟塑料、玻璃和玻璃衬里材料，主要是从抗腐蚀和易加工方面考虑。
色谱柱连接方式：
色谱柱接头通过过滤片与色谱柱管连接，在色谱柱管的上下两端安装过滤片。过滤片一般用多孔不锈钢烧结材料制成，过滤片上的孔径小于填料颗粒直径，可阻挡流动相中极小的机械杂质以保护色谱柱，但流动相可顺利通过。柱入口和柱出口的连接管的死体积越小越好，一般常用窄孔厚壁不锈钢管，以减少柱外死体积。
色谱柱的再生：
一般情况下，硅胶和ods等化学键合固定相再生是困难的。有时采用下述方法可能提高柱效。
1、由于杂质微粒等因素，使色谱柱上端固定相变色，柱效下降。这时，可仔细地将变色部分除去约3mm左右，再补充新的固定相。
2、当色谱柱吸附未被洗脱的成分时，柱效将明显下降，可选择合适的溶剂洗净。
3、当采用梯度洗脱时，色谱柱在重复使用前，用泵把几倍于柱体积的起始溶剂压经色谱柱，以重新建立起始的平衡来得到再生。
色谱柱至少可以使用3～6个月，能完成数百次分离。但若操作不慎，将很容易损坏色谱柱而不能使用。因此为了保持柱效、柱容量和渗透性，必须对色谱柱进行仔细保养。
