凝胶制备液相色谱仪通常都被认为和大容量色谱柱和高流速有关联的。然而并不是以设备的大小和系统消耗的流动相的多少来决定制备液相色谱，而是依据分离目的来决定。分析液相的目的是给一种组份进行定量和定性。制备液相的目的是对产品的单体进行提取和纯化。与传统的纯化方法（如蒸馏、萃取）比较，制备液相是一种更有效的分离方法，因此被广泛应用在样品和产品的提取和纯化上。
凝胶制备液相色谱仪常用的色谱模式有低压，中压，高压三种，以应对不同类型和不同纯度要求的样品的分离，同时尽可能减少成本。
低压：一般而言，低压适合易分离化合物，但分离时间长很容易造成敏感化合物分解。
Flash：Flash是应对低压分离时间长而出现的替代方法，尽管其分辨率不及中压，仍常被用于简单的分离问题。
中压：中压一般采用恒流泵提供恒定的流动相流速，填料颗粒更小，分辨率更高，耐受更高压力和更快流速，同时操作与低压和Flash基本一致，而苏州汇通研发的中压玻璃层析柱，可以转接到各类低压和Flash系统，进一步为您节约仪器成本。
高压：高压通常在分离制备的末尾阶段采用，应用于分离困难的样品，纯度甚至能达到99.9%。
凝胶制备液相色谱仪的主要用于以下领域：
1.天然药物化学、中药化学。这是较广泛的使用方法，为了弄清楚植物中的微量有效成分，开放手工色谱仪早已不够用了，几乎每个搞天然药化的实验室都至少有一台液相，土豪实验室人手一台液相。
2.蛋白纯化。相对于前者，蛋白纯化的起步要稍微晚一点，但是发展很迅速。同时，由于在这个领域的优势不算太大，也在这个领域加快发展，抢占地盘。
3.药物杂质纯化。由于合成工艺并不能做到100%的产率，往往伴有副产品，如何获得微量的杂质并确定结构和含量，这就得靠液相色谱仪。
4.手性化合物的制备。这个主要是有机合成和方法学的在用。
