色谱柱在液相系统中起着分离的作用，是液相色谱系统的核心部件之一。柱管材质有玻璃、不锈钢、铝铜、peek以及内衬光滑的聚合材料的其他材质。一般细粒度的填料采用匀浆填充法装柱，先将填料调成匀浆，在高压泵作用下，快速将其压入装有洗脱液的色谱柱内，经冲洗后备用。 色谱柱使用过程中，如果压力升高，或出现污染，选择适当的条件冲洗或反冲。
1.适用于C18、C8、C4、C1、苯基、PFP、AQ等
使用至少20倍柱体积的含有≥30%谁的极性邮寄溶剂（如乙腈）作为流动相除去柱子中的缓冲盐；使用至少20倍柱体积的含有95%极性邮寄溶剂（如乙腈）冲洗色谱柱。
污染物的去除常规星期后柱校没有明显恢复时，使用50%异丙醇／乙腈以低流速清洗20倍柱体积以除去污染物。
2.适用于氨基柱、氰基柱
常规清洗：乙腈：水＝60:40条件对色谱柱进行冲洗，清洗时不建议水相比例超过40%，过高使用水相容易导致键和相水解。
色谱柱再生：当色谱柱经过长期使用，柱校降低时，可以对色谱柱进行再生，乙腈：水（水中加入0.05%氨水）＝60:40条件冲洗30倍柱体积。
3.适用于离子交换柱SCX、SAX冲洗方法
日常冲洗：用100%水冲洗30个柱体积除盐，然后用20%甲醇或乙腈冲洗20个柱体积后保存在20%甲醇或乙腈中。
长期保存：用100%水冲洗30个柱体积去除盐，然后用50%乙腈；50%水冲洗20个柱体积后保存在50%乙腈：50%水中。
再生：先用高浓度的缓冲盐（不超过１Ｍ），然后再用100%水洗，100%乙腈或甲醇冲洗，再用20%乙腈或甲醇保存。（以上操作可根据实验室自身SOP视情况而定）
