气相色谱柱利用色谱柱先将混合物分离，然后利用检测器依次检测已分离出来的组分。气相色谱柱的直径为数毫米，其中填充有固体吸附剂或液体溶剂，所填充的吸附剂或溶剂称为固定相。与固定相相对应的还有一个流动相。流动相是一种与样品和固定相都不发生反应的气体，一般为氮或氢气。
待分析的样品在气相色谱柱顶端注入流动相，流动相带着样品进入气相色谱柱，故流动相又称为载气。载气在分析过程中是连续地以一定流速流过气相色谱柱的;而样品则只是一次一次地注入，每注入一次得到一次分析结果。
样品在气相色谱柱中得以分离是基于热力学性质的差异。固定相与样品中的各组分具有不同的亲合力(对气固色谱仪是吸附力不同，对气液分配色谱仪是溶解度不同)。当载气带着样品连续地通过气相色谱柱时，亲合力大的组分在气相色谱柱中移动速度慢，因为亲合力大意味着固定相拉住它的力量大。亲合力小的则移动快。
气相色谱柱怎样合理配置
一般，初次使用气相色谱柱对气相色谱柱不知怎样合理配置，总希望柱子越多越好，盲目购置许多柱子或固定液、担体等，结果有许多闲置造成浪费。就此向大家推荐一些值得考虑的经验。
对气相色谱柱长短的选择：由于分辨率与柱长的平方根成正比。柱子长，则提高分辨率。
短柱用于快速分离较简单的样品，也适于快速成分扫描分析;
30m的色谱柱是常用的柱长，大多数分析在此长度的柱子上完成;
50m、60m或更长的色谱柱用于分离比较复杂的样品。
对于口径的选择：柱径直接影响柱子的效率、保留特性和样品容量。小口径柱比大口径柱有更高柱效，但柱容量更小。
0.25mm：具有较高的柱效，柱容量较低。分离复杂样品较好。
0.32mm：柱效稍低于0.25mm的气相色谱柱，但柱容量约高60%。
0.53mm：具有类似于填充柱的柱容量，可用于分流进样，也可用于不分流进样，当柱容量是主要考虑因素时，选择大口径毛细管柱较为合适。
